ANALISIS KERAGAMAN GENETIK SEMBILAN VARIESTAS PADI (Oryza sativa L.) MENGGUNAKAN PENANDA MOLEKULER ISSR

Abstract

Peningkatan kualitas padi melalui pemuliaan menjadi aspek penting untuk mendapatkan padi produktivitas tinggi sehingga dapat memenuhi kebutuhan beras yang terus meningkat. Penggunaan penanda molekuler yang tepat sebagai alat bantu seleksi secara genetik dalam program pemuliaan menjadi lebih efisien karena sifat genetik tidak terpengaruh lingkungan. Salah satu penanda molekuler yang banyak digunakan untuk identifikasi keragaman genetik adalah ISSR. Penelitian yang dilakukan meliputi isolasi DNA sembilan varietas padi, amplifikasi DNA menggunakan primer ISSR 15, ISSR 12, UBC 825, UBC 826 dan UBC 880 dan dilakukan PCR. Analisis data dilakukan dengan skoring pita DNA dan analisis persentase polimorfis. Hasil menunjukkan ISSR 15 dan UBC 825 dapat mengamplifikasi pita dalam jumlah banyak, jelas, dan polimorfik. ISSR 15 mengamplifikasi 37 pita pada ukuran 341 – 1117 bp, sedangkan UBC 825 mengamplifikasi 40 pita pada ukuran 292 – 1349 bp. ISSR 15 dan UBC 825 keduanya memiliki persentase polimorfisme sebesar 100%. Analisis klaster dengan dendogram juga dilakukan sehingga diketahui hubungan kekerabatan dari 9 varietas padi yang digunakan. Primer UBC 825 mampu menunjukkan hubungan kekerabatan secara genetik yang lebih sesuai, salah satunya yaitu INPARI 32, IR64, dan Mekongga terdapat pada satu klaster yang sama dan terkonfirmasi ketiganya memiliki kesamaan pada tetua sebelumnya. Dengan demikian, dapat disimpulkan bahwa tanaman padi yang akan dijadikan induk dalam pemuliaan dapat dipilih melalui teknik ini.